Dr. Fekete Károly Kisvárdán született 1960. január 8-án lelkészcsaládban. Középiskolai tanulmányait 1974-1978 között a Debreceni Református Kollégium Gimnáziumában végezte, majd a már korábban megkezdett orgona-tanulmányait a miskolci Bartók Béla Zeneművészeti Szakközépiskola szakmai tagozatán Virágh Endre orgonaművész vezetésével folytatta tovább, ahol 1982-ben zenei szakérettségit szerzett.
Teológiai tanulmányait a Debreceni Református Teológiai Akadémián kezdte meg 1982 őszén. Közben másfél évre sorkatonai szolgálatra hívták be Lentibe. Az első lelkészképesítő vizsgát 1988 őszén, a második lelkészképesítő vizsgát 1989 őszén tette le. Segédlelkészi, majd beosztott lelkészi szolgálatra a Debrecen-Nagytemplomi Egyházközségbe kapott kirendelést (1988-1992). Nagytemplomi szolgálataival párhuzamosan, 1989. február 15-től kapott megbízást a Debreceni Református Teológiai Akadémia Rendszeres Teológiai Tanszékén előbb gyakornoki, majd tanársegédi teendők ellátására. A Nagytemplomi Egyházközségből 1992-ben kapott meghívást a főállású teológiai munkára, adjunktusi beosztásban.
Lelkésszé 1992. december 2-án szentelték a debreceni Nagytemplomban. Doktori fokozatát 1995-ben summa cum laude minősítéssel szerezte gyakorlati teológiából a Kolozsvári Egyetemi Fokú Protestáns Teológiai Intézetben. 1996-tól lett a Debreceni Református Hittudományi Egyetem (DRHE) Gyakorlati Teológiai Tanszékének vezetője. Habilitációs vizsgájára a budapesti Evangélikus Hittudományi Egyetemen került sor 2009. május 11-én. Egyetemi tanárrá 2010-ben nevezték ki. 2009-2013 között a Kolozsvári Protestáns Teológiai Intézet vendégtanára volt. A DRHE Doktori Iskolájának jelenleg is törzstagja.
Rektori tisztséget 1997 és 2005 között, valamint 2011-2014 között töltött be a Debreceni Református Hittudományi Egyetemen. Ezekben az időszakokban párhuzamosan a Debreceni Református Kollégium Igazgatótanácsának elnökeként is tevékenykedett. A hazai egyetemi integráció idején, 1998. november 8. – 1999. december 31. között megválasztották a Debreceni Egyetemi Szövetség szenátusa alelnökének, így aktívan részt vett az integrált Debreceni Egyetem létrehozásában.
Külföldi kutatói ösztöndíjon 2002-ben és 2008-ban volt Lipcsében. 2003-tól a Magyarországi Református Egyház Zsinatának tagja. 2003-2014 között a Doktorok Kollégiumának alelnöke volt. 2005-2014 között a Magyar Tudományos Akadémia Debreceni Területi Bizottságának tudományos főtitkári tisztét töltötte be.
2014 decemberében megválasztották a Tiszántúli Református Egyházkerület püspökének. Jelenleg a második püspöki ciklusát tölti, a Debreceni Református Nagytemplom megválasztott püspök-lelkipásztora.
Tudományos munkája elismeréseként megkapta a Károli Gáspár-díjat (2004), a Trefort Ágoston-díjat (2014), a Magyar Köztársasági Érdemrend Tisztikeresztjét (2005), a Pro Scientia-díjat (MTA DAB, 2015), a Milotai Nyilas István-díjat (2018), és a Reményik Sándor-díjat (2019). Debrecen város 2021-ben díszpolgári címet adományozott neki.
Eddig tizenöt önálló kötete, nagyszámú tudományos tanulmánya és szakcikke látott napvilágot. Számos közegyházi, tudományos és közéleti tisztsége van. Több folyóirat szerkesztője és tudományos lapok szerkesztő bizottsági tagja.
